O setor de Manejo e Conservação do Solo busca desenvolver e validar tecnologias envolvendo sistemas de manejo do solo com base no sistema plantio direto. As pesquisas têm o foco de investigar como as diferentes práticas de manejo melhoram a qualidade do solo, o potencial produtivo das culturas e minimizam as perdas de água, solo, nutrientes e agroquímicos.
Além disso, o setor busca desenvolver técnicas para a implementação de diferentes práticas conservacionistas de solo e água em propriedades rurais visando qualificar o sistema plantio direto e servir de apoio à difusão das “boas práticas” de forma sistêmica e integrada com as cooperativas, objetivando uma produção agropecuária mais sustentável.